Klášterní hřbitov ležel tradičně na sever od konventního chrámu. Mrtví mniši se vynášeli branou v severním křídle transeptu, zvanou porta mortuorum. Česky se jí říkalo branka mrtvých. Zemřelí byli většinou přeneseni nejdříve do kaple nebo kapitulní síně, kde se nad nimi spolubratři modlili. Ještě téhož dne, nebo dne následujícího byli pohřbeni. Jejich hroby bývaly obvykle označeny jen kříži beze jmen. Ve starých benediktinských klášterech se měly na hřbitově pěstovat ovocné stromy, aby - symbolicky - ze starého vzešlo nové.
Opati nebyli většinou pohřbeni na hřbitově mnichů, ale v kapitulní síni nebo v kostele. Místo jejich hrobu kryl náhrobní kámen v životní velikosti, často opata znázorňující. Nápis okolo pak dokládal, o koho se jedná, v jakém věku zemřel, případně další informace. Náhrobní kameny se však při stavebních úpravách přemisťovaly, zvláště po zrušení kláštera. Dnes se proto mohou nacházet na zcela jiném místě. Některé kameny mohly být druhotně použity a na jejich zadní stranu byl vytesán jiný náhrobek.
Kostel sloužil jako pohřebiště nejen pro opaty, ale také pro zakladatele a mecenáše kláštera.
Pohřby v klášterech
Hlavní starostí středověkého křesťana měla být péče o duši, aby při Posledním soudu nebyla odsouzena k zatracení a dočkala se života věčného. Vzhledem k tomu, že člověk je "nádoba hříšná", každý křesťan dobře věděl, že se během svého života dopustil četných hříchů. Proto nemohl doufat v přímou cestu do nebe, ale spíše předpokládal, že se nejprve dostane do očistce, kde bude za své hříchy muset odpykat trest. Proto si mnozí křesťané, zejména ti, kteří si to mohli finančně dovolit, přáli, aby byli pohřbeni v klášterech. Věřilo se totiž v sílu mnišské modlitby za zemřelé, která může křesťanovi jeho posmrtný osud a zvláště dosažení spásy duše usnadnit.
Kláštery byly jako místa posledního odpočinku žádoucí, neboť věřící měli jistotu, že se mniši budou za spásu jejich duší ve svých modlitbách trvale přimlouvat. Na to, že by kláštery mohly být zrušeny nebo zcela zničeny během válek, nikdo raději ani nepomyslel. Získat právo na pohřeb v klášteře nebylo samozřejmé. Většinou bylo chápáno jako odměna za dary či jinou podporu, jež dotyčný dobrodinec (zakladatel, donátor, mecenáš) během svého života klášteru poskytl. Liturgie v klášterech na modlitby za zemřelé skutečně pamatovala a patřily k pravidelným obřadům, jež v klášterech probíhaly.
Místa pohřbu zakladatelů nebo zbožných donátorů dokládají dodnes zdobné náhrobní kameny nebo celé sarkofágy. Nejznámnější je v současné době asi hrobka Rožmberků v jihočeském klášteře Vyšší Brod. Klášter založil Vok z Rožmberka a poté zde byli k věčnému spánku ukládání další potomci rodu. Až do roku 1611, kdy zemřel poslední. Podle tradice ustanovil, že hrobka smí být otevřena nejdříve za 400 let. Tato doba uplynula v roce 2011, ale mniši nebyli otvírání hrobky nakloněni. Chrání a respektují posmrtný klid zemřelých. Nakonec souhlasili s nedestruktivním průzkumem pomocí malých kamer spuštěných do hrobky. Výsledky bohužel ukázaly, že Rožmberkové nesedí v kruhu kolem stolu, jak se tradovalo, ale jsou uloženi v jednotlivých rakvích.