Možná jste již navštívili křížovou chodbu, kde měli mniši tzv. armárium, vestavěnou polici na knihy, případně celou místnost, kde byly knihy uloženy. I před vynalezením knihtisku knih stále přibývalo, ale prostor byl dostačující. Kolem roku 1500 však nastal zlom. Začaly se shromažďovat nejen knihy, které se aktuálně čtou a stále používají. Vyvstal problém, kam je ukládat. Hledala se různá místa, řádoví představení doporučovali knihovny zřizovat, neboť jsou pokladem mnichů (lat. thesaurus monachorum). Jako nejjednodušší se jevilo použít západní trakt, kde dříve měli refektář a dormitář konvrši. S jejich ubývajícím počtem bylo možné tyto prostory na knihovny snadno adaptovat.
Největší klášterní knihovny v 16. století mohly obsahovat 500 až 1000 svazků, většina však jen několik set. I tak se měly všechny pečlivě zapisovat do katalogu. Rozvoj knihoven přichází v době barokního rozkvětu klášterů v 17. a 18. století. Pokud se v klášterech nezřizuje knihovna nová, obnovuje se alespoň vybavení té původní. Nechávají se dělat nové skříně, většinou bohatě vyřezávané, knihy jsou často nově převázány, aby i estetický dojem byl dokonalý. Největší knihovnou mezi mnišskými kláštery, která se dodnes dochovala, se stala knihovna u cisterciáků ve Vyšším Brodě. Čítá 70 000 svazků teologické, filosofické i historické a další literatury v nejrůznějších jazycích. Větší knihovny už mají jen premonstráti na Strahově a v Teplé.
Knihovní sály mohly doplňovat i fresky na stropech. Tematicky bývají spojené s knihovními prostory. Krásně je to vidět právě ve Vyšším Brodě, kde má knihovna dva hlavní sály: filosofický a teologický. Prvnímu z nich vévodí freska Šalamounova soudu znázorňující moudrost tohoto krále, druhému pak biblický příběh Dvanáctiletého Ježíše Krista v chrámu.
Kromě knihoven opatrovaly kláštery i archivy. V nich uschovávaly důležité listiny, které se týkaly hospodářství i každodenního života. Pokud se takový archiv dochoval dodnes, je nejdůležitější studnicí informací o dějinách daného kláštera. Můžeme se v něm dočíst, kolik mnichů kdy v klášteře žilo, jaké výsady jim vydával panovník nebo jak fungovalo klášterní hospodářství. Většina klášterních archivů však nepřežila různé války, vypalování nebo rušení klášterů a buď úplně nebo zcela zanikly.