Nemocnice (infirmarium) stává stranou konventních budov. Z hlediska stavebního se původně skládala jen z velkého sálu pro nemocné a vlastní kuchyně. Ve vrcholném středověku mívaly nemocnice více místností, mohly tam být dva i více sálů pro pacienty, lékárna a obydlí bratra, který o nemocné pečoval a jenž se nazýval infirmarius (infirmář). Součástí nemocnice byla také kaple, kde se obdobně jako v kostele sloužily klášterní hodinky. Někdy byl prostor kaple oddělen od hlavního sálu pouze náznakem, např. zábradlím, tak aby nemocní ležící na lůžkách mohli sledovat bohoslužbu a účastnit se hodinek. V jiných klášterech však byly kaple stavebně oddělené.
Nemocnice nebyla jen místem, kde se infirmář staral o nemocné spolubratry. Byli zde také staří mniši, kteří již potřebovali větší péči. V nemocnici pak obvykle bydleli až do své smrti.
Nemocným se podávala odlišná strava, v některých případech včetně masa, a tak nebylo možné pro nemocniční prostory používat tutéž kuchyni, kde se vařilo pro konvent. Maso bylo a je v klášterech považováno za stravu, která posilní zesláblé tělo.
K nemocnici patřila i speciální zahrada s bylinkami, zeleninou a ovocem. V některých případech představoval areál nemocnice komplex budov v podobě malého kláštera.
Péče o nemocné v klášteře
Péče o nemocné má v klášteře prvořadý význam. Podobně jako při péči o chudé je bližnímu poskytována pomoc, o které Ježíš Kristus v Evangeliích řekl, že je to jako by pomoc byla poskytnuta přímo jemu. Z francouzského cisterciáckého kláštera v Clairvaux se dochoval popis, co vše je při péči o nemocné důležité: Krásná zahrada a sad ladící oku, zpěv ptactva těšící ucho, stín zpříjemňující nemocným pobyt, stejně jako chutné ovoce a svěží vzduch, to vše jsou boží dary, které pomáhají zvítězit nad nemocí. Nemocnice využívaly léčebné i psychicky povzbuzující síly slunce. A na rozdíl od dormitářů se mohly vytápět, takže nemocným poskytovaly i v zimních měsících dostatek tepla.
Již řehole sv. Benedikta zavazovala opaty a další hodnostáře klášterů, aby nemocným dávali co nejlepší péči. Tato péče je obvykle specifikována na jedné straně jako duchovní. K ní náležela také útěcha, kterou nemocným poskytovali opat a další kněží kláštera. Na druhé straně jako materiální, zejména kvalitní strava a léky. Nemocným se smělo na rozdíl od zdravých podávat i maso, jež je mělo posílit a umožnit jim snazší uzdravení.
Vlastní lékařskou péči patrně prováděli speciálně vyškolení bratři, znalí výroby léků. Patrně šlo o herbaristy specializující se na pěstování a sběr léčivých bylin, nikoliv o univerzitně školené lékaře. Až do konce 13. století totiž platily pro mnichy zákazy studia medicíny. Podobně bylo zakázáno provozovat lékárny pro veřejnost, toto se opouští nejpozději v době baroka.