Nemocnice (infirmarium) stává stranou konventních budov. Z hlediska stavebního se původně skládala jen z velkého sálu pro nemocné a vlastní kuchyně. Ve vrcholném středověku mívaly nemocnice více místností, mohly tam být dva i více sálů pro pacienty, lékárna a obydlí bratra, který o nemocné pečoval a jenž se nazýval infirmarius (infirmář). Součástí nemocnice byla také kaple, kde se obdobně jako v kostele sloužily klášterní hodinky. Někdy byl prostor kaple oddělen od hlavního sálu pouze náznakem, např. zábradlím, tak aby nemocní ležící na lůžkách mohli sledovat bohoslužbu a účastnit se hodinek. V jiných klášterech však byly kaple stavebně oddělené.
Nemocnice nebyla jen místem, kde se infirmář staral o nemocné spolubratry. Byli zde také staří mniši, kteří již potřebovali větší péči. V nemocnici pak obvykle bydleli až do své smrti.
Nemocným se podávala odlišná strava, v některých případech včetně masa, a tak nebylo možné pro nemocniční prostory používat tutéž kuchyni, kde se vařilo pro konvent. Maso bylo a je v klášterech považováno za stravu, která posilní zesláblé tělo.
K nemocnici patřila i speciální zahrada s bylinkami, zeleninou a ovocem. V některých případech představoval areál nemocnice komplex budov v podobě malého kláštera.