Klášterní hřbitov ležel tradičně na sever od konventního chrámu. Mrtví mniši se vynášeli branou v severním křídle transeptu, zvanou porta mortuorum. Česky se jí říkalo branka mrtvých. Zemřelí byli většinou přeneseni nejdříve do kaple nebo kapitulní síně, kde se nad nimi spolubratři modlili. Ještě téhož dne, nebo dne následujícího byli pohřbeni. Jejich hroby bývaly obvykle označeny jen kříži beze jmen. Ve starých benediktinských klášterech se měly na hřbitově pěstovat ovocné stromy, aby - symbolicky - ze starého vzešlo nové.
Opati nebyli většinou pohřbeni na hřbitově mnichů, ale v kapitulní síni nebo v kostele. Místo jejich hrobu kryl náhrobní kámen v životní velikosti, často opata znázorňující. Nápis okolo pak dokládal, o koho se jedná, v jakém věku zemřel, případně další informace. Náhrobní kameny se však při stavebních úpravách přemisťovaly, zvláště po zrušení kláštera. Dnes se proto mohou nacházet na zcela jiném místě. Některé kameny mohly být druhotně použity a na jejich zadní stranu byl vytesán jiný náhrobek.
Kostel sloužil jako pohřebiště nejen pro opaty, ale také pro zakladatele a mecenáše kláštera.