Kostel stojí zhruba uprostřed klášterního areálu, je středem všeho, stejně jako liturgie, která se v něm odehrává. Dnes jsou to takřka nejzdobnější místa, jaká lze spatřit. Kostely, Boží stánky, chtěli mít totiž lidé co nejkrásnější. Jedna zajímavá charakteristika nám pomůže poznat cisterciácké kostely - měly by být bez věže. I když ani to dnes již 100% neplatí.
Kostely jsou nejčastěji zachovanou stavbou i ve zrušených klášterech. Obvykle totiž po zrušení kláštera a odchodu komunity sloužily jako farní kostely pro obyvatele z daného místa. Jsou také zajímavou učebnicí stavebních slohů. Pokud si vybavíte nějakou románskou stavbu, na 90% to bude kostel případně rotunda. Zachovaly se ze všech období a dokonce existuje sloh, který se snad nikde jinde neprojevil, než u kostelů. Konkrétně například u cisterciáckých a benediktinských kostelů v Sedlci u Kutné Hory a v Kladrubech u Stříbra. Jedná se o barokní sloh, do kterého byly umě použity prvky gotiky. Tvůrcem tohoto spojení byl architekt Jan Blažej Santini-Aichl, nikdo jiný jej nepoužíval.
Mniši se v kostele scházeli několikrát denně, jak na bohoslužby, tak na na chórové modlitby (hodinky). V základním rozložení se proto klášterní kostely nijak neliší od jakýchkoliv jiných křesťanských kostelů. Vpředu (v presbytáři) stál hlavní oltář s obrazem nebo sochou znázorňujícími světce či událost, kterým byl kostel zasvěcen. U cisterciáků je to takřka vždy Nanebevzetí Panny Marie. Oltáře se nacházely i po obvodu kostela nebo v bočních kaplích. Důvodem byl jiný způsob slavení bohoslužby než dnes. Existuje pravidlo, podle kterého má každý kněz sloužit bohoslužbu jednou denně. Dnes můžeme spatřit několik kněží u jednoho oltáře (tzv. koncelebrace, společné slavení), ale to do poloviny 20. století nebylo možné. Každý sloužil sám u jiného oltáře. Jednalo se nejčastěji o tiché mše, kdy kněz odříkával předepsaná slova, aniž by někdo odpovídal. Většinou měl vedle sebe jen jednoho pomocníka - ministranta. (O dalších odlišnostech dnešní a dřívější mše si povíme u liturgie.) Dobrodinci kláštera také nechávali sloužit množství bohoslužeb za sebe a zemřelé členy své rodiny, i to vyžadovalo větší množství oltářů.
Zvláštností v některých klášterních kostelech je příčka asi v polovině kostela, dělící jej napříč. Nazývá se též letner. Rozdělovala loď kostela na část pro mnichy a část pro laiky, případně konvrše. V mnišské části byly umístěny chórové lavice, v laické části byly lavice obyčejné čelem k hlavnímu oltáři. Pokud se jedná o zrušený klášter, bude rozestavění lavic v kostele jiné než dřív. Zvlášť pokud je kostel stále liturgicky používán a musel se tedy přizpůsobit slavení bohoslužby pro všechny věřící. Tak je tomu například v Plasích, kde původní chórové lavice mnichů jsou umístěny zcela v zadní části kostela a slouží jen na podívání. Na jejich původním místě stojí lavice čelem k oltáři a sedají si sem lidé při bohoslužbě. Dochovaný příklad původního rozmístění lavic nabízí Vyšší Brod, kde dodnes cisterciáci žijí.
U řady cisterciáckých klášterů, především u prvních románských staveb ve Francii, se setkáváme se zajímavou hrou světla. Projevovala se samozřejmě i později, např. již zmíněný Santini bral také slunce v úvahu. Proč takový důraz na světlo? Cisterciáci totiž zpočátku nechtěli žádnou výzdobu kostelů, prosazovali jednoduchost a uměřenost. V holých kamenných kostelech byla jen socha Panny Marie, dřevěné lavice mnichů a zcela výjimečně jednoduché vitráže v oknech. V této jednoduchosti maximálně vyniklo denní světlo, jehož pohyb a intenzita vytváří během dne různé kompozice. Kostely jsou, pokud je to možné, orientovány oltářem (presbytářem) na východ. Zhruba kolem páté hodiny se slunce dostane na západní stranu.